कृषि विपणन की भारतीय प्रणाली कई दोषों से ग्रस्त है। नतीजतन, भारतीय किसान अपनी उपज के उचित मूल्य से वंचित है। कृषि विपणन प्रणाली के मुख्य दोषों की चर्चा यहाँ की गई है।
अनुचित गोदाम : गांवों में उचित भंडारण सुविधाओं का अभाव है। इसलिए, किसान अपने उत्पादों को गड्ढों, मिट्टी के बर्तनों, "कच्चे" भंडारगृहों आदि में संग्रहीत करने के लिए मजबूर है। भंडारण के इन अवैज्ञानिक तरीकों से काफी अपव्यय होता है। लगभग 1.5% उपज सड़ जाती है और मानव उपभोग के लिए अनुपयुक्त हो जाती है। इस कारण गांव के बाजार में आपूर्ति काफी बढ़ जाती है और किसानों को उनकी उपज का उचित मूल्य नहीं मिल पाता है। सेंट्रल वेयरहाउसिंग कॉरपोरेशन और स्टेट वेयरहाउसिंग कॉरपोरेशन की स्थापना से स्थिति में कुछ हद तक सुधार हुआ है
श्रेणीकरण और मानकीकरण का अभाव : कृषि उत्पादों की विभिन्न किस्मों का उचित श्रेणीकरण नहीं किया जाता है। आमतौर पर प्रचलित प्रथा "दारा" बिक्री के रूप में जानी जाती है जिसमें उपज के सभी गुणों का ढेर एक ही लॉट में बेचा जाता है इस प्रकार बेहतर गुणवत्ता वाले किसान को बेहतर कीमत का आश्वासन नहीं दिया जाता है। इसलिए बेहतर बीजों का उपयोग करने और बेहतर किस्मों के उत्पादन के लिए कोई प्रोत्साहन नहीं है।
अपर्याप्त परिवहन सुविधाएं : भारत में परिवहन सुविधाएं अत्यधिक अपर्याप्त हैं। बहुत कम गाँव रेलवे और पक्की सड़कों से मंडियों से जुड़ते हैं। उपज को बैलगाड़ियों जैसे धीमी गति से चलने वाले परिवहन वाहनों पर ले जाना पड़ता है। जाहिर है कि परिवहन के ऐसे साधनों का उपयोग उपज को बहुत दूर स्थानों तक ले जाने के लिए नहीं किया जा सकता है और किसान को अपनी उपज को पास के बाजारों में डंप करना पड़ता है, भले ही इन बाजारों में प्राप्त कीमत काफी कम हो। यह खराब होने वाली वस्तुओं के साथ और भी सही है।
बड़ी संख्या में बिचौलियों की उपस्थिति : कृषि बाजार में बिचौलियों की श्रृंखला इतनी बड़ी है कि किसानों की हिस्सेदारी काफी कम हो जाती है।
अनियमित बाजारों में कदाचार : अब भी देश में अनियंत्रित बाजारों की संख्या काफी अधिक है। किसानों की अज्ञानता और अशिक्षा का फायदा उठाकर अरहतिया और दलाल उन्हें ठगने के लिए अनुचित साधनों का इस्तेमाल करते हैं। किसानों को आढ़तियों को अरहत (गिरवी शुल्क), उपज तौलने के लिए "तुलाई" (वजन शुल्क), बैलगाड़ियों को उतारने के लिए "पल्लेदारी" और अन्य विविध प्रकार के संबद्ध कार्य करने के लिए, "गार्डा" का भुगतान करना आवश्यक है। उत्पाद में अशुद्धियाँ, और कई अन्य अपरिभाषित और अनिर्दिष्ट शुल्क।
बाजार की अपर्याप्त जानकारी : किसानों के लिए विभिन्न बाजारों में बाजार मूल्यों की सही जानकारी प्राप्त करना अक्सर संभव नहीं होता है। इसलिए, व्यापारी उन्हें जो भी कीमत देते हैं, वे स्वीकार करते हैं। इस समस्या से निपटने के लिए सरकार नियमित रूप से बाजार मूल्यों को प्रसारित करने के लिए रेडियो और टेलीविजन मीडिया का उपयोग कर रही है। समाचार पत्र किसानों को कीमतों में नवीनतम परिवर्तनों के बारे में भी बताते रहते हैं।
अपर्याप्त ऋण सुविधाएं: भारतीय किसान, गरीब होने के कारण, फसल की कटाई के तुरंत बाद उपज को बेचने की कोशिश करता है, हालांकि उस समय कीमतें बहुत कम होती हैं।