अस्थिरता: भारत में कृषि काफी हद तक मानसून पर निर्भर करती है। नतीजतन, खाद्यान्न के उत्पादन में साल दर साल उतार-चढ़ाव होता रहता है। अनाज के प्रचुर उत्पादन का एक वर्ष अक्सर तीव्र कमी के एक वर्ष के बाद होता है।
फसल पैटर्न: भारत में उगाई जाने वाली फसलों को दो व्यापक श्रेणियों में बांटा गया है: खाद्य फसलें और गैर-खाद्य फसलें। जबकि पहले में खाद्यान्न, गन्ना और अन्य पेय पदार्थ शामिल हैं, बाद वाले में विभिन्न प्रकार के फाइबर और तिलहन शामिल हैं।
भूमि का स्वामित्व: यद्यपि भारत में कृषि भूमि का स्वामित्व काफी व्यापक रूप से वितरित किया जाता है, फिर भी भूमि जोत का कुछ हद तक संकेंद्रण है। भूमि वितरण में असमानता इस तथ्य के कारण भी है कि भारत में भूमि के स्वामित्व में लगातार परिवर्तन होते रहते हैं। यह माना जाता है कि भारत में भूमि के बड़े हिस्से पर अमीर किसानों, जमींदारों और साहूकारों के अपेक्षाकृत छोटे हिस्से का स्वामित्व है, जबकि अधिकांश किसानों के पास बहुत कम जमीन है, या बिल्कुल भी जमीन नहीं है।
उप-विभाजन और जोत का विखंडन: जनसंख्या वृद्धि और संयुक्त परिवार प्रणाली के टूटने के कारण कृषि भूमि का छोटे और छोटे भूखंडों में लगातार उप-विभाजन हुआ है। कई बार छोटे किसानों को अपना कर्ज चुकाने के लिए अपनी जमीन का एक हिस्सा बेचने को मजबूर होना पड़ता है। यह भूमि का और उप-विभाजन बनाता है।
भूमि का कार्यकाल: भारत की भूमि काश्तकार प्रणाली भी परिपूर्ण से बहुत दूर है। स्वतंत्रता-पूर्व काल में, अधिकांश काश्तकार काश्तकारी की असुरक्षा से पीड़ित थे। उन्हें कभी भी बेदखल किया जा सकता है। हालांकि, स्वतंत्रता के बाद किरायेदारी की सुरक्षा प्रदान करने के लिए विभिन्न कदम उठाए गए हैं।
कृषि मजदूरों की स्थिति: भारत में अधिकांश खेतिहर मजदूरों की स्थिति संतोषजनक नहीं है। अधिशेष श्रम या प्रच्छन्न बेरोजगारी की समस्या भी है। यह मजदूरी दरों को निर्वाह स्तर से नीचे धकेलता है।
खाद, उर्वरक और बायोसाइड्स: भारतीय मिट्टी का उपयोग हजारों वर्षों से फसलों को उगाने के लिए किया जाता रहा है, बिना इसकी भरपाई के। इससे मिट्टी का ह्रास और थकावट हुई है जिसके परिणामस्वरूप उनकी कम उत्पादकता है। लगभग सभी फसलों की औसत पैदावार दुनिया में सबसे कम है। यह एक गंभीर समस्या है जिसे अधिक खाद और उर्वरकों का उपयोग करके हल किया जा सकता है।
सिंचाई: हालांकि भारत चीन के बाद दुनिया का दूसरा सबसे बड़ा सिंचित देश है, लेकिन केवल एक तिहाई फसल क्षेत्र सिंचाई के अधीन है। भारत जैसे उष्णकटिबंधीय मानसून देश में जहां वर्षा अनिश्चित, अविश्वसनीय और अनिश्चित है, वहां सिंचाई सबसे महत्वपूर्ण कृषि इनपुट है, जब तक कि आधे से अधिक फसली क्षेत्र को सुनिश्चित सिंचाई के तहत नहीं लाया जाता है, तब तक भारत कृषि में निरंतर प्रगति हासिल नहीं कर सकता है।
मशीनीकरण का अभाव: देश के कुछ हिस्सों में कृषि के बड़े पैमाने पर मशीनीकरण के बावजूद, बड़े हिस्से में अधिकांश कृषि कार्यों को सरल और पारंपरिक उपकरणों और लकड़ी के हल, दरांती आदि जैसे उपकरणों का उपयोग करके मानव हाथ से किया जाता है। फसलों की जुताई, बुवाई, सिंचाई, पतलेपन और छंटाई, निराई, कटाई, थ्रेसिंग और परिवहन में मशीनों का बहुत कम या कोई उपयोग नहीं किया जाता है।
कृषि विपणन: ग्रामीण भारत में कृषि विपणन अभी भी खराब स्थिति में है। उचित विपणन सुविधाओं के अभाव में, किसानों को अपनी कृषि उपज के निपटान के लिए स्थानीय व्यापारियों और बिचौलियों पर निर्भर रहना पड़ता है, जो कि औने-पौने दाम पर बेची जाती है।
अपर्याप्त परिवहन: भारतीय कृषि के साथ मुख्य बाधाओं में से एक परिवहन के सस्ते और कुशल साधनों की कमी है। वर्तमान में भी लाखों गांव ऐसे हैं जो मुख्य सड़कों या बाजार केंद्रों से अच्छी तरह से नहीं जुड़े हैं।
